生活的污水、牲畜养殖场污水、制革、医院等地方排除出的废水，含有各种病原体，如：病毒、病菌、寄生虫等。这些病原体一旦污染到水体，然后被人饮用之后，很容易传播到各种疾病，如：吸虫病、伤寒、病毒性肝炎等。
这些病原体污染后的水体，微生物增加，其中有很多就是致病菌、病虫卵和病毒等，它们与其他细菌都会和大肠杆菌共存，所以想了解水质的情况，用细菌总数和大肠杆菌指数及菌值数为病原体污染的直接指标。可通过检测水中大肠杆菌的总数量是多少，来判断该水质污染程度。（可用wect-900大肠杆菌在线分析仪来检测水中大肠杆菌的含量。）